دكتر اقبال 1331 عازم اروپا شد و پس از كودتاي 28 مرداد 1332 به ايران بازگشت و سناتور انتصابي تهران شد و سپس به وزارت دربار رسيد. در 1336به نخست‌وزيري منصوب و تا شهريور 1339 اين سمت را عهده دار بود. در دوران نخست‌وزيري او دو حزب مليّون به رهبري دكتر اقبال و حزب مردم به رهبري اميراسدالله علم تشكيل شد و همچنين انتخابات دوره بيستم مجلس شوراي ملي انجام گرفت ولي به علت دخالت دولت و تقلب در آراء، حزب مردم و منفردين اعتراض كرده و درگيري ايجاد شد و همگي خواهان ابطال آراء بودند. شاه نيز در يك مصاحبه مطبوعاتي انتخابات را مردود اعلام كرد و دكتر منوچهر اقبال از سمت خود استعفا داد.

 

پس از نخست‌وزيري دكتر اقبال كه رياست دانشگاه تهران را عهده دار و نماينده دوره بيستم مجلس شورا از مشهد بود مورد تعرض دانشجويان قرار گرفت و اتومبيلش به آتش كشيده شد. پس از اين ماجرا اقبال از ايران خارج شد و در 1342كه به ايران بازگشت به مديرعاملي شركت نفت ايران منصوب شد. و تا پايان حيات خود در اين سمت باقي ماند. او در 1356درگذشت.

 

دكتر منوچهر اقبال در دوران حيات سياسي خود در احزاب گوناگون چون حزب اراده ملي، حزب دموكرات و... مشاركت داشت و خود نيز حزب مليّون و جمعيتي به نام « جمعيت ياران» را تشكيل داد. او فراماسونر و از مؤسسين لژ خورشيد تابان بود.